Helmut Baumgartner studierte an der Medizinischen Fakultät der Universität Wien. Nach Forschungsaufenthalten unter anderem am Cedars-Sinai Medical Center, Universität von Kalifornien, Los Angeles, USA, leitete der Kardiologe das Echokardiographie-Labor sowie verschiedene Forschungsprogramme an der Medizinischen Fakultät der Universität Wien. Bis 2007 war er zudem Mitglied der Ethikkommission der Medizinischen Fakultät der Universität Wien, bevor er 2007 dem Ruf an die Universität Münster folgte. Seine Forschungstätigkeit auf dem Gebiet der Herzklappenfehler und angeborenen Herzfehler bei Erwachsenen, darunter die klinische und experimentelle Forschung zur Echokardiographie sowie zur Katheterintervention bei angeborenen und erworbenen Herzklappenfehlern und zur Myokardvitalität, trug ihm zahlreiche Auszeichnungen ein. Helmut Baumgartner war viele Jahre Präsident der Österreichischen Gesellschaft für Kardiologie und gehörte für die Deutsche Gesellschaft für Kardiologie – Herz- und Kreislaufforschung dem Leitlinienkomitee zur Behandlung von Herzklappenfehlern und angeborenen Herzfehlern bei Erwachsenen an. Er ist Mitglied der Europäischen Gesellschaft für Kardiologie (ESC) und assoziierter Herausgeber des European Heart Journal. Helmut Baumgartner ist Mitglied und stellvertretender Vorstandsvorsitzender des Kompetenznetz Angeborene Herzfehler. Er gehört dem Lenkungsausschuss des Forschungsverbundes an.