Philipp Beerbaum studierte Medizin in Köln und absolvierte dort seine Facharztausbildung für Kinder- und Jugendmedizin. 1996 wechselte er für die Spezialisierung im Bereich Kinderkardiologie und pädiatrischer Intensivmedizin an das Herz- und Diabeteszentrum NRW in Bad Oeynhausen. 2007 erhielt Professor Beerbaum einen Ruf nach England ans King’s College in London als "Senior Lecturer" in Paediatric Cardiovascular Science. Klinisch war er in London als Kinderkardiologe im Evelina Children´s Hospital tätig und leitete den Kardio-MRT-Service für angeborene Herzfehler. Nach einer weiteren Station in den Niederlanden an der Radboud Universiteit in Nijmegen wurde der Kinderkardiologe 2012 zum Professor für Pädiatrische Kardiologie und Intensivmedizin an der Medizinischen Hochschule Hannover berufen. Seit Gründung des Kompetenznetzes Angeborene Herzfehler engagiert sich Philipp Beerbaum für die Verbundforschung auf dem Gebiet angeborener Herzfehler. Seine Forschungsschwerpunkte liegen im Bereich der gesamten nicht-invasiven Verfahren zur Bildgebung im Bereich der angeborenen Herzfehler: Computertomografie, Magnetresonanztomografie und Echokardiografie. Als Mitglied der European Society of Cardiology (ESC) und der European Association of Cardiovascular Imaging (EACVI) gehört er der europäischen Prüfkommission zur Zertifizierung für die kardiovaskuläre Magnetresonanz bei angeborenen und pädiatrischen Herzerkrankungen an. Darüber hinaus ist er Mitglied zahlreicher nationaler und internationaler Fachgesellschaften, darunter die Deutsche Gesellschaft für Kinderheilkunde und Jugendmedizin (DGKJ), die Deutsche Gesellschaft für Pädiatrische Kardiologie (DGPK), die Association for European Paediatric Cardiology (AEPC) und die American Heart Association (AHA). Philipp Beerbaum sitzt im Wissenschaftlichen Beirat der Deutschen Stiftung für Herzforschung und der Fördergemeinschaft Deutsche Kinderherzzentren e. V. 
Er ist Gründungsmitglied des Kompetenznetzes Angeborene Herzfehler e. V. und gehört dem Lenkungsausschuss des Forschungsverbundes an.