Felix Berger hat an der Christian-Albrechts Universität in Kiel Medizin studiert. Nach seiner Weiterbildung in der Kinderkardiologie der Universitätskinderklinik in Kiel gehörte er 1988 zu den Mitbegründern der Abteilung für Angeborene Herzfehler und Kinderkardiologie am Deutschen Herzzentrum Berlin (DHZB). 1991 promovierte er mit magna cum laude unter der Leitung von Prof. Dr. Peter E. Lange, dem Initiator des Nationalen Registers für angeborene Herzfehler. Seiner Habilitation 2003 an der Universität Zürich folgte 2004 die Berufung als Universitätsprofessor für Kinderkardiologie an die Charité - Universitätsmedizin Berlin. Zu seinen Forschungsschwerpunkten zählen die invasive Diagnostik und interventionelle Therapie bei angeborenen Herzfehlern. Felix Berger gehört als Mitglied u.a. der Deutschen Gesellschaft für Pädiatrische Kardiologie (DGPK), der Deutschen Gesellschaft für Kardiologie - Herz- und Kreislaufforschung (DGK), der Schweizerischen Gesellschaft für Pädiatrie (SGP), der Schweizerischen Gesellschaft für Kardiologie (SGK), der European Society of Cardiologie  (ESC), der Association of European Pediatric Cardiologists (AEPC) und der Russian Scientific Society of Interventional Radiology and Endovascular Surgery an. Darüber hinaus ist er Mitglied des Wissenschaftlichen Beirats der Fördergemeinschaft Deutsche Kinderherzzentren e. V. Felix Berger ist Mitglied des Kompetenznetz Angeborene Herzfehler e. V. und gehört dem Lenkungsausschuss des Forschungverbundes an.